由于当下土壤环境越来越差，即使在定植之前进行土壤，有时也很难避免根部病害的发生。根腐病是辣椒生长中普遍发生的一种土传病害，辣椒根腐病可以说是农户很头疼的病害，辣椒根部变深褐色，伴随着根部腐烂，严重时会造成大量减产。
形成辣椒根腐病的病因大致有如下四条：
1、雨水、灌溉时，水量过大，造成根部水分过多，如果排水不及时，辣椒根部就会腐烂。
2、光照不足，低温高湿，土壤粘性过大，土壤结块，通风不好
3、由于栽种作物的地方培土过高，两侧开沟施肥或除草时，造成根系的损伤。
4、长期使用化肥，使土壤里滋生很多细菌，有害物质排不出去。
辣椒根腐病发病规律：
秋冬季棚内白天温度较高，夜间温度较低，空气相对湿度较大，发病较重。与茄果类蔬菜连作发病重。阴雨天、大水漫灌发病重。多发生在辣椒定植后至采果盛期。病原以菌丝体和厚垣孢子在病残体或土壤中越冬，种子也可带菌越冬。在土壤可以存活10年以上。第二年病原萌发产生分生孢子，直接侵染植株根及根茎部，病部不断产生分生孢子进行再侵染。从伤口侵入致病，带菌种子萌发直接侵染幼苗。部分分生孢子可随雨水、灌溉水传播。
防治措施：
1.因地制宜，适期早播，是防治该病基本的方法。
2、辣椒种植采用垄栽，做成90cm宽的高垄，一垄栽双行，既利于提早封垄，又利于通风采光和田间管理；使用微生物菌肥，中后期追肥，采用氨基酸母液随浇水时浇施，或顺垄冲施，防止人为管理造成辣椒根部受伤。
3、如在田间发现中心病株，应立即拔除，带出田外烧掉，然后用生石灰拌土处理掩埋病穴以杀菌消毒。
4、施用微生物菌剂
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